U ovoj disertaciji istraživana je u činkovitost denitrifikacije u morskom recirkulacijskom akvakulturnom sustavu. Denitrifikacija je proučavana u dva bioreaktora ispunjena pergolarom (cijevnom polietilenskom mrežom) kao nosa čem denitrifikacijskih bakterija, kao izvor ugljika korištena je sladovina, a pra ćene su promjene relevantnih pokazatelja kvalitete vode; saliniteta, temperature, pH i koncentracija otopljenog kisika, nitratnog, nitritnog i amonijakalnog dušika . Pergolar se pokazao dobrom podlogom za naseljavanje bakterija, a sladovina dobrim izvorom ugljika za denitrifikaciju. Faza indukcije denitrifikacijskih biofiltara trajala je 287 dana. Denitrifikacija je bila najučinkovitija u stacionarnim uvjetima kad je brzina uklanjanja nitratnog dušika iznosila 40 mg/Ld, ili izraženo prema površini pergolara 121 mg/m2d, a prema njegovu volumenu 485 mg/Ld. Faza indukcije rotacijskog biološkog kontaktora kao nitrifikacijskog biofiltra trajala je 160 dana, a postignuta je brzina uklanjanja ukupnoga amonijakalnog dušika od 40 mg/Ld. Filogeneti čka analiza mikrobnih populacija u recirkulacijskom akvakulturnom sustavu sekvenciranjem sljedeće generacije pokazala je da je u nitrifikacijskom biofiltru bio znatan broj bakterija što provode oksidaciju am onijaka i nitrita, dok je u denitrifikacijskim bioreaktorima bio velik udio bakterija što provode heterotrofnu i autotrofnu denitrifikaciju, a bilo je i onih što sudjeluju u kruženju sumpora. Razvijena je stab ilna nitrifikacijska populacija sposobna ukloniti amonijak koji bi nastao uzgojem ribe u realnim proizvodnim uvjetima, kao i stabilna denitrifikacijska populacija sposobna ukloniti nitrat koji bi nastao nakon nitrifikacije.